Молдавия расположена на крайнем юго-западе Восточно-Европейской равнины, во втором часовом поясе, и занимает бо?льшую часть междуречья Днестра и Прута, а также узкую полосу левобережья Днестра в его среднем и нижнем течении. Не имея выхода к морю, страна географически тяготеет к причерноморскому региону, при этом у Молдавии есть выход к Дунаю (протяжённость береговой линии — около 950 м).
На севере, востоке и юге Молдавия граничит с Украиной, на западе — с Румынией. Площадь страны составляет 33,7 тыс. км?. Территория Молдавии простирается с севера на юг на 350 км, с запада на восток — на 150 км. Крайние точки страны: на севере — село Наславча (48°29' с.ш.), на юге — село Джурджулешты (45°28' с. ш.), на западе — село Крива (26°30' в. д.), на востоке — село Паланка (30°05' в. д.).
Крупнейший город и столица Молдавии — Кишинёв, расположен в центре страны. Второй по величине город Тирасполь находится на левом берегу реки Днестр.
Речная сеть представленна многочисленными постоянными и временными реками. Более густая — на севере, и более редкая — на юге. Все реки Молдавии относятся к бассейну Чёрного моря. Наиболее крупные реки — Днестр и Прут. Среди прочих рек выделяются притоки Днестра — Реут, Бык, Ботна, Икель, а также реки Когыльник (Кундук), Ялпуг. Главные источники питания рек — снеговые и дождевые воды.